1、行政相对人提起行政诉讼

对行政合同履行过程中的纠纷提起诉讼应该提起的是行政诉讼还是民事诉讼？行政合同虽然叫合同但是按照我国的法律规定行政相对人应该提起行政诉讼，法院在审理订立行政合同这一具体行政行为时附带审查行政合同，这体现了国家对行政权的尊重。因此如果当事人提起了民事诉讼，法院应该告知其变更诉讼请求，提起民事诉讼。值得注意的的是行政合同能否提起行政复议，法律明确规定可以提起行政复议的协议仅限政府特许经营协议、土地、房屋等征收征用补偿协议和其他行政协议，其他合同是否能提起行政复议，只能以具体情况而定。

2、行政合同案件管辖

搞清楚行政合同纠纷应该提出的是行政诉讼之后，就可以确定应该到哪里提出行政诉讼，依照我国行政诉讼法的规定，一般情况下是到作出行政行为即订立行政合同的行政机关所在地提起诉讼，对不动产纠纷则应到不动产所在地提起诉讼；除非是对国务院部门或者县级以上的政府、海关到中院提起诉讼，其他一律到基层人民法院提起诉讼。

3、举证责任

我国法律行政合同的举证责任的分配原则并没有明确的规定，实践中通常采用二分法，行政诉讼主要审查的是行政行为的合法性，因此对于订立合同等具体行为的合法性存在争议的，行政机关承担举证责任，对违约责任其他事由则采用“谁主张谁举证”的方法，但举证责任仍有待法律不断完善。所以不同于普通的行政行为诉讼，当事人承担的举证责任比一般行政诉讼的举证责任要重。

4、依照国家赔偿的程序获得赔偿

如果法院认定行政机关应该承担行政责任，那么行政相对人则可以获得相应的赔偿，与民事合同不同的是，行政相对人应该依照国家赔偿的程序申请赔偿，因此当拿不到赔偿款时，应当先向赔偿义务机关提出，不能直接提起行政诉讼，赔偿请求人可以自期限届满之日起三个月内才可以人民法院提起诉讼。

一、行政合同纠纷的解决途径？

(1)和解。和解是指当事人因合同发生纠纷时可以再行协商，在尊重双方利益的基础上，就争议的事项达成一致，从而解决纠纷的方式。和解是当事人自由选择的在自愿原则下解决台同纠纷的方式，而不是合同纠纷解决的必经程序。当事人也可以不经协商和解而直接选择其他解决纠纷的途径。

(2)调解。凋解是指在第三人的主持下，通过运用说服教育等方法来解决当事人之间的合同纠纷。调解有两种方式一是人民调解委员会调解当事人发生合同纠纷，可以向纠纷当事人所在地或者纠纷发生地的人民调解委员会申请调解。二是行政调解。主要特指工商行政管理机关居中对合同当事人的纠纷进行调解。申请行政调解的纠纷必须具备以下条件：申请人必须是与本案有直接利害关系的当事人，有明确的被申请人、具体的调解请求和事实根据；符合工商行政管理机关受理案件范围的规定。但已经向人民法院起诉的或者已经向仲裁机构申请裁的。从及一方要求调解另一方不同意调解的，调解申请不于受理。双方当事人接受调解达成协议的，应当制作调解协议书，当事人即应当按照调解协议书履行各自的义务。由于调解协议书不具有法律强制力，一方当事人不履行的，对方当事人不能就此请求人民法院强制执行，但可以采用其他方式来解决争议。

(3)仲裁。仲裁是指发生合同争议的双方当事人，根据争议发生前或发生后达成的仲裁协议，将纠纷提交仲裁机关进行裁决并解决纠纷的方式。仲裁具有“准司法”性质，仲裁机构作出的仲裁裁决具有法律效力，当事人应当履行。

(4)诉讼。诉讼是指合同纠纷发生后，当事人如果没有仲裁协议，任何一方均可以向人民法院提起民事诉讼，请求人民法院对合同纠纷依法予以处理。这是解决合同纠纷的最常见方式。合同纠纷经人民法院审理并作出判决后，当事人对人民法院作出的发生法律效力的判决书，调解书必须履行，拒不履行的，另一方当事人可以申请人民法院强制执行。