(一)出资瑕疵的股权确认

股东违反出资义务，出资存在虚假出资、出资不足、抽逃出资等情形的，根据《公司法》的规定，股东负有补缴出资的责任，而不是剥夺其股东资格。因此，股东出资瑕疵的情形并不影响股东资格的取得。但是，由于股东存在出资瑕疵的情形，违反公司资本充实原则，从而影响公司的正常运营，因此，为了促使其尽快补缴出资，应当对其股权行使进行限制。我国公司法仅对出资瑕疵股东的优先权和分红权进行了限制，而对其他权利未作限制。股东仅在其实际出资的金额范围内行使有限的优先权和分红权等股权。

司法实践中，对瑕疵股权转让的股东资格认定存在争议。存在出资瑕疵的股东，可以认定其具有股东资格，因此，股东转让瑕疵股权的行为，只要不存在其他的无效因素，应当认定为有效，股权受让人可以取得股东资格并行使股权。但是，。对于如何补正瑕疵并承担责任存在争议。一种观点认为，应当区别股权转让的不同情况分别作出处理：如果受让人属于善意且对受让的股权支付了合理的对价，则应当由转让人承担补正瑕疵的责任;如果受让人明知受让的股权存在瑕疵，或者没有为取得股权支付合理的对价，则应当由受让人与转让人承担连带责任。我们认为，瑕疵股权转让以受让人是否明知为标准，确定补正瑕疵的责任，从举证责任的角度不能自圆其说，因为法律推定受让人应当知道。这一问题我们在股权转让一章中详细论述。但是，根据行政责任和刑事责任不得转让的法理，转让人应当独自承担出资瑕疵产生的行政责任或者刑事责任。

(二)公司内部的股权确认

公司内部的股东资格和股权确认纠纷，是指股东与股东之间、股东与公司之间的股东资格和股权确认纠纷。这类诉讼主要依据股东的实质要件，即签署公司章程、实际出资、取得出资证明书、行使股东权利，进行股东资格和股权确认。实质要件的功能主要是对内的，用于确定股东之间的权利义务，在解决股东之间的争议时，其优于形式要件，而其中签署公司章程作为股东的真实意思表示，优先于其他实质要件。因为，公司的设立是全体发起人意思表示一致的结果，股东资格的认定，应当以公司章程表彰的意思表示为标准。因此签署公司章程应是确认股东资格的标准。

(三)公司外部的股权确认

公司外部的股权确认纠纷，是指第三人与公司、股东之间的股东资格和股权确认纠纷。公司债权人起诉公司要求清偿债务时，如果发现公司资本不足，即存在股东出资瑕疵的情形，公司债权人可以要求公司股东在出资瑕疵的范围内承担连带责任。此时，公司股东主张自己并不具有股东资格，对抗公司的债权人。

第三人与公司进行交易时，只能通过或者凭借公司公示的工商登记了解公司的基本情况，没有权利也没有义务在交易中调取出资证明书、股东名册、公司章程等内部材料。因此，工商登记具有公信力，对第三人产生登记对抗效力。工商登记可以作为证明股东资格并对抗第三人的表面证据，第三人可以凭借工商登记来对抗登记中没有记载的隐名股东的权利要求。

工商登记的目的，主要是维护交易安全，保护善意第三人。如何认定善意第三人，工商登记材料等公司对外公示的材料在股东资格和股权确认时，将起到决定性的作用。但是，如果有证据证明第三人与公司交易时明知公司股东的情况，则该第三人不是善意第三人，不能依据公司对外公示材料进行主张或者抗辩。

公司章程记载、股东名册记载和工商部门登记属于形式要件，形式要件的功能主要是对外的，在与公司以外的第三人的争议中，其优于实质要件，而其中工商部门登记的公示性最强，优先于其他形式要件。因为，根据商法的外观主义原则，股东资格未经工商登记的，不得对抗第三人。

(四)股权转让的股权确认

我国《公司法》对工商登记是否股权转让合同和股权转让发生效力的要件未作规定，我们认为，办理公司变更登记和工商变更登记是股权转让的法定程序，不是股权转让合同的生效要件。法院不应以当事人未办理有关变更登记手续而认定股权转让合同无效。但是当事人不能以股权转让合同为由对抗工商部门就同一标的已经完成的股东变更登记。工商登记仅是公司股权发生转让、公司股东发生变更后的对外公示程序。因此，工商登记并非股权转让的决定性证据。但是，第三人可以根据公司公示的工商登记主张对登记簿上记载的股东的权利。

股份有限公司，记名股票的转让由股东以背书方式或者法律法规规定的其他方式转让，转让后由公司将受让人的姓名或者名称及住所记载于股东名册。无记名股票的转让，只需将股票交付给受让人之后，转让行为即发生法律效力，受让人成为合法的股份持有人，取得股权。股份有限公司是典型的资合公司，股份转让并不需要通过公司其他股东同意，因此，股权确认纠纷较少。而股权确认主要发生在有限责任公司的股权转让纠纷中，有限责任公司是人合兼资合的公司，因此，公司法规定了股权转让的严格程序。

根据《公司法》规定，有限责任公司的股东向股东以外的人转让股权应当经其他股东过半数同意;经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权;公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。如未履行上述程序，股权受让人要求确认其股东资格的，应当首先认定股权转让合同的效力。

我们认为，股权转让合同如果没有履行上述程序，股权转让合同对公司不产生效力，股权受让人无权要求确认其股东资格;股权转让合同如果没有履行上述程序，其他股东可以请求法院撤销股权转让合同，股权转让合同被撤销之后，股权受让人无权要求确认其股东资格。如果股权受让人记载于公司股东名册一年后，股东主张撤销股权转让合同的，人民法院不予支持。

根据《公司法》的规定，有限责任公司的股东转让股权后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资的记载。股权转让是权利的转让，权利转让的一个重要特征就是移转能够表彰权利的证书。出资证明书是有限责任公司股东股权的权利证书，股东转让股权，必须进行变更股东记载或者登记，实现权利的移转公示。

股东名册上关于股东情况的记载的效力强于出资证明书，所以，如果只对新股东签发出资证明书而不将其记载于股东名册，新股东就不能对公司主张股权，所以还要在股东名册上进行记载以使新股东获得完整的股权。同时，公司章程上相应的记载也要变更，并且公司还应进行工商变更登记，以此进行公示。

(五)外观形式存在矛盾的股东资格认定

公司章程、股东名册记载的股东与工商登记的股东不一致的情况。根据《公司法》第33条关于股东名册和股东登记的效力的规定，可以按照以下原则来认定股东资格：如果股东资格的争议发生在股东与公司、股东与股东或者转让人与受让人之间，工商登记只具有对外宣示的功能和证权的效力，不具有创设股东资格的权能，应当以股东名册的记载为认定股东资格的依据。需要注意的是，公司实践中，许多公司并未置备股东名册，如果有其他形式能够证明出资人或者受让人股东身份的，如已经分取公司红利，仍然可以确认其股东资格。如果股东资格的争议发生在股东与第三人之间，则应以工商登记为认定股东资格的依据。