我国司法认知制度实行的是以职权认知的规则体系，即由法官以职权和由当事人提出申请，法官对认知的程序调查来确认和认知。那么司法认知程序的运作是怎样的？

1、司法认知是否应以当事人请求为条件：大多数国家的法律将应当司法认知认同于法官行使职权的需要不以当事人请求为条件。但法官如欲认知某事项尤其是自动认知时应即告知当事人及其律师而启动协助提供有关知识的机制。如依所供资料不能足以对某事项信其为司法认知的范围时，应不予认知。

2、当事人主动申请司法认知程序问题：除应当认知的事项，应由法官依职权进行运作外，对于一般可以认知及当事人认为应属认知的事项和范围，均以当事人申请为条件。

3、司法认知的庭审记载问题：司法认知事项及效力后果应在庭审笔录中予以文字载明。

4、上诉审的认知抗辩权的延长问题：参照台湾相关法律和美国法律，对于初审法院未予认知的事项，上诉审法院仍可认知。对于相对人抗辩的处分，法官存有瑕疵的，上诉审法院可以依新的证据重新确认，唯此才能体现公正的主题。

总之，司法认知制度是我国证据法律制度中重要组成部分，对于促使法院审判工作公正、高效意义重大。所以，如何在审判实践中对其正确把握和运作是人民法院新形势下面临的新课题。