1999年经国务院批准中央财政设立科技型中小企业技术创新基金，重点支持处于初创期的科技型中小企业的创新创业活动。到2005年底，累计预算安排资金44亿元，立项支持了7962个项目。根据对立项项目执行情况的分析，创新基金取得了显著的实施效果。——从有关经济技术指标看，截止2005年底，共完成创新基金项目验收3295项，验收合格率达75.5%。这些受资助项目在执行期间，已实现产品累计销售收入1188.6亿元，上缴税金137.7亿元，出口创汇16.6亿美元，项目承担企业人数近19万人，分别比立项时增长了8.6倍、9.6倍、5.4倍、0.47倍。财政支出的收益比例已达到1：5.8（3295项验收项目基金共安排资金23.5亿元），创新基金已经实现了通过大循环实现回报的最初设计理念。——从推动技术创新成果进入市场看，根据对已完成验收的3295项创新基金项目分析，项目立项时，有872项处于研发阶段、1877项处于中试阶段、546项处于批量生产阶段，三个阶段项目所占的比例分别为26.5%、57.0%、16.6%，明显可见，项目在立项初期，商品化的程度较低，研发、中试阶段的项目比例达到83.5%；经过几年创新基金项目的实施，到验收时，三个阶段项目的比例变化为2.1%、27.2%、70.2%，处于研发阶段的项目比例由立项时的26.5%下降为2.1%，而处于批量生产阶段的项目比例由立项时的16.6%上升到70.2%，项目的市场进入能力有了较大的提高。——从促进科技型中小企业发展看，企业的经济实力得到显著增强。根据对已完成验收的152项创业项目（企业成立时间不足18个月）的统计分析，这些创业项目在立项时，88%的企业没有销售收入，企业的平均资产为66.57万元，企业平均年收入仅有7.99万元，项目产品的平均销售收入为6.58万元。但是通过创新基金的支持与引导，152家企业在验收时，有81%的企业实现了销售收入，项目完成了技术成果向产品的转化，并小批量进入市场；企业的平均资产达到263.45万元，增长了2.9倍，企业平均年收入达到202万元，增长了24.3倍，项目产品平均销售收入达到163.63万元，增长了23.9倍。小企业发生的这种显著变化，充分说明了创新基金的支持效果，体现出创新基金对提高初创期科技型小企业的生存、发展能力的重要作用。创业项目的资助方式起到了对初创型企业“雪中送炭”的作用，达到了创新基金预期的政策目标，为企业今后更大的发展打下了基础。——从企业的市场表现看，《中国企业家》杂志在2004年度评出的21家“未来之星——最具成长性的中小企业”中，剔除8家不属于创新基金支持范围的企业，其余13家企业中有11家申请过创新基金，占13家企业的85%，其中10家企业得到了创新基金的资助，占申报企业的91%。截止2005底，在深圳中小企业板上市的50家企业中，申请过创新基金的有19家企业，其中15家企业共有18个项目获得创新基金支持，占深圳中小企业板上市企业的30%。——从基金的引导和带动作用看，七年中，创新基金调动了30个省市地方政府资金33.5亿元，吸引商业银行和金融机构的资金近152亿元。通过对已验收项目的统计表明：中央财政每投入1元钱，可引导社会各类资金投入12元。