一、检察院直接受理侦查的案件发现超过规定期限怎么办

1、检察院办理直接受理侦查的案件或者审查逮捕、审查起诉案件，在犯罪嫌疑人侦查羁押期限、办案期限即将届满前，负责案件管理的部门应当依照有关规定向本院办案部门进行期限届满提示。发现办案部门办理案件超过规定期限的，应当依照有关规定提出纠正意见。

2、法律依据：《人民检察院刑事诉讼规则》第六百二十条

二、检察院职能职权

1、对于叛国案、分裂国家案以及严重破坏国家的政策、法律、政令统一实施的重大犯罪案件，行使检察权。

2、对于直接受理的国家工作人员利用职权实施的犯罪案件，进行侦查。

3、对于公安机关、国家安全机关等侦查机关侦查的案件进行审查，决定是否逮捕、起诉或者不起诉。并对侦查机关的立案、侦查活动是否合法实行监督。

4、对于刑事案件提起公诉，支持公诉;对于人民法院的刑事判决、裁定是否正确和审判活动是否合法实行监督。

5、对于监狱、看守所等执行机关执行刑罚的活动是否合法实行监督。

6、对于人民法院的民事审判活动实行法律监督。对人民法院已经发生效力的判决、裁定，发现违反法律、法规规定的，依法提出抗诉。

7、对于行政诉讼实行法律监督。对人民法院已经发生效力的判决、裁定，发现违反法律、法规规定的，依法提出抗诉。