一种制度的实施是一个不断发现问题解决问题逐步完善的过程，我国的农村医疗保险制度也不例外。医疗保险制度作为社会保障体系的重要组成部分，肩负着保障群众健康，稳定社会和国民收入再分配的作用，历来受到世界各国政府的重视。

1.农村原有合作医疗保险制度在短期内难以恢复重建

1976年以来，随着农村联产承包责任制的推行，基层合作医疗制度逐渐流于形式或自行解体。首先，资金来源有限，但支出具有明显的失控现象。其次，干部和村民享受医疗保健服务不平等，是合作医疗难以恢复的原因之一，但更重要的是收入机制的转变，彻底打击了合作医疗赖以存在的基金筹资基础。

2.城乡之间医疗保健资源分配不均，卫生资源配置不合理

医术较高的医务人员多聚集在大医院，农村大多数人经常利用的卫生资源是村卫生室或个体乡村医生，然而村里的卫生人员多半没有参加过正规的培训，并且有相当一部分村卫生室没有必要的消毒设备。

农村人口居前三位的疾病分别是呼吸系统疾病、恶性肿瘤和脑血管疾病。患此类病多数会导致家庭收入下降，甚至陷入贫困，而这些疾病的发生原本可以通过保健知识的传播和普及而降低，但由于政府在农村的设施和预防工作投资不足，难以开展有效的宣传活动。

3.农村合作医疗政策不稳定

经济体制改革以后，国家对合作医疗采取了放任自流的态度，合作医疗从国家政策变成了地方政策，这就使得发展农村合作医疗失去了国家政策的强制性威力，主动性大大下降，没有足够的动力推动合作医疗政策的实施。再者，20世纪90年代以后，国家为减轻农民负担，取消了强制性合作医疗项目，这一政策与国家扶持发展农村合作医疗的政策相冲突，因而加大了发展农村合作医疗的难度。

4.农村医疗缺少保险立法

没有专门的法律法规保障农村的合作医疗制度，因此农村医疗迟迟不能走上正轨。没有法律制度的保障，使得合作医疗的性质不能准确地确定下来，其在整个社会保障体系中的作用也难以定位，缺乏稳定性和持续性，容易产生混乱。农村医疗保险立法必须符合我国现阶段经济发展状况和农民需要，如果不能切实减轻农民医疗负担，以强制为原则，必然会引起农民反感。