根据我国相关的法律规定，排除非法证据的程序是：程序启动，在法庭调查过程中，被告人有权提出非法获取其庭前供述的意见，并提供相关线索或证据。程序启动后，法院应进行复审，如果对其合法性没有疑问，可以直接对其指控的犯罪事实进行调查。如果对合法性有疑问的，可以由公诉人对其进行举证。

申请排除非法证据的程序步骤

《非法证据排除规定》对如何排除非法证据规定了具体的操作规程，这也是本规定的主要内容，对于避免因为采纳非法证据而导致冤假错案的发生将起到非常重要的作用。

具体说来，该程序主要包括以下五个步骤：

（一）程序启动。在法庭调查过程中，被告人有权提出其审判前供述是非法取得的意见，并提供相关线索或者证据。

（二）法庭初步审查。程序启动后，法庭应当进行审查。合议庭对被告人审判前供述取得的合法性没有疑问的，可以直接对起诉指控的犯罪事实进行调查；对供述取得的合法性有疑问的，则由公诉人对取证的合法性举证。

（三）控方证明。公诉人应当向法庭提供讯问笔录、原始的讯问过程录音录像或者其他证据，提请法庭通知讯问时其他在场人员或者其他证人出庭作证，仍不能排除刑讯逼供嫌疑的，提请法庭通知讯问人员出庭作证，对该供述取得的合法性予以证明。

（四）双方质证。公诉人举证后，控辩双方可以就被告人审判前供述的取得是否合法的问题进行质证、辩论。

（五）法庭处理。法庭对被告人审判前供述的合法性问题作出裁定：如公诉人的证明达到确实、充分的程度，能够排除被告人审判前供述属非法取得的，法庭确认该供述的合法性，准许当庭宣读、质证；否则，法庭对该供述予以排除，不作为定案的根据。

《关于办理刑事案件排除非法证据若干问题的规定》第六条

被告人及其辩护人提出被告人审判前供述是非法取得的，法庭应当要求其提供涉嫌非法取证的人员、时间、地点、方式、内容等相关线索或者证据。