加盟合同丢失，保证金依然需要支付，合同的丢失并不影响保证金的返还。合同丢失的，当事人可以与另一方当事人达成协议，订立新的合同；也可以复印对方当事人的合同，重新签字盖章。当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。

签加盟合同时应注意的问题

1、加盟商的主体资格，加盟者应表述为个人姓名或法人单位名称，在合同中述明，允许加盟者在某地开设连锁店，拟开设的连锁店名称为某某公司（特许盟主名称）某某连锁店。

2、双方关系的表述

在特许经营合同中应约定：合同双方为各自独立核算单位，只属于许可人和受许人的关系，双方之间不存在任何共同投资、代理、雇佣、承包关系。同时应约定，加盟者使用的商标、商号、商誉和经营管理技术归特许盟主所有。

3、知识产权保护条款，在合同中应对商标、专利、专有技术、域名保护作出明确约定。

《民法典》第五百零九条

当事人应当按照约定全面履行自己的义务。当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。当事人在履行合同过程中，应当避免浪费资源、污染环境和破坏生态。