稽查局在对某房地产公司检查时发现该公司与某某工业企业签订协议，将其未售出商铺租给某某工业企业使用，协议约定租期5年，每提前一年解除合同支付对方15万元违约金，现承租方要求与该房地产公司解除合约，并赔偿45万元。

该笔业务房地产公司未作纳税申报。

税法分析：

根据《中华人民共和国房产税暂行条例》规定，房产税以房屋为征税对象，分别以“房产原值”和“房租收入”为计税依据。该房地产公司取得的上述赔偿款项并非与房屋直接相关，而是基于对方违约而取得的赔偿，不涉及房产税。

但是根据《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》相关规定：单位和个人提供应税劳务、转让无形资产和销售不动产时，因受让方违约而从受让方取得的赔偿金收入，应并入营业额中征收营业税。

所以，该房地产公司取得的违约金收入应按“服务业”税目中的“租赁”项目补缴营业税。税务机关应对其补征税款、滞纳金，并进行告知处以50℅以上，五倍以下的罚款。