争议的焦点主要集中在以下七个方面：

1.施工合同的效力问题。

2.合同无效是否应进行结算。

3.备案合同和补充协议，即黑白合同不一致，在结算时应采纳哪一份合同作为结算的依据问题。

4.对于建设部推荐施工合同版本通用条款中涉及的发包方逾期不结算是否视为认可送审价的问题。

5.工程款结算采取何种标准的问题。

6.诉讼中，造价司法鉴定的范围。

7.关于工程质量、工期、农民工利益等问题。

一、工程验收完成后什么时候结算

工程结算是指施工企业按照承包合同和已完工程量向建设单位(业主)办理工程价清算的经济文件。全名为工程价款的结算，是指施工单位与建设单位之间根据双方签订合同(含补充协议)进行的工程合同价款结算。工程结算又分为：工程定期结算、工程阶段结算、工程年终结算、工程竣工结算。那么工程验收完成后什么时候结算呢?建设工程竣工后28天内做结算。建设部和国家工商行政管理局制定的《建设工程施工合同(示范文本)》通用条款中对竣工结算做了详细规定：发包人收到承包人递交的竣工结算报告及结算资料后28天内进行核实，给予确认或者提出修改意见。发包人确认竣工结算报告后通知经办银行向承包人支付工程竣工结算价款。承包人收到竣工结算价款后14天内将竣工工程交付发包人。

二、项目负责人签字的结算单是否有效

工程结算单的作用是施工双方当事人在工程结算单上签字的，在法律上属于双方对工程结算的确认，委托方应该按照工程结算单上所列的结算结果和工程施工合同的约定支付工程款。如果委托方不按照工程结算单上所列的结算结果和工程施工合同的约定支付工程款的，施工方可以依法向法院起诉。需要说明的一点这里的双方必须是工程双方有法定权限的代理人，一般情况下结算单也需要双方当事人的盖章，才能更好的保障工程结算单的效力。但其只能作为起诉的证据之一，同时需要其他证据予以印证：如双方当事人在建设工程施工过程中形成的补充协议、会议纪要、工作联系单、工程变更单、工程签证、施工图纸、竣工图纸，以及其他往来函件、记录等书面证据，可以作为工程量计算和认定工程价款的依据。