合同补充协议签署在后，一般以补充协议所约定内容为准。具体依据如下：

1、补充协议中一般都会在尾部写明“原合同与本补充协议不一致的，以本补充协议为准”；

2、补充协议签署在后，与主合同不一致，应视为双方对主合同的变更，因此应以补充协议为准。合同是当事人或当事双方之间设立、变更、终止民事关系的协议。依法成立的合同，受法律保护。

一、公司改协议怎么改

修改合同有两种方式：第一，解除原合同重新订立新的合同，第二，签署补充协议。在修改合同时需要注意以下几个方面的内容：需要合同双方当事人签署。需要双方当事人之间就修改事项协商一致。如果是重新签署合同，原合同内容不变，只是将需要修改的条款改正后，直接引用到新合同中就可以了。如果是签署补充协议，需要在补充协议中明确主合同的内容，或者将主合同作为附件的形式。双方签字确认，并填写日期。

二、合同修改的具体流程是怎样的呢？

修改合同有两种方式：

第一、解除原合同重新订立新的合同。

第二、签署补充协议。

在修改合同时需要以下几个方面的内容：

第一、需要主合同双方当事人签署。

第二、需要双方当事人之间就修改事项协商一致。

第三、如果是重新签署合同，原合同内容不变，只是将需要修改的条款改正后，直接引用到新合同中就可以。

第四、如果是签署补充协议，需要在补充协议中明确主合同的内容，或者将主合同作为附件的形式。

第五、双方签字确认，并填写日期。