施工企业在执行施工合同标准中遇到的主要问题有：（1）目前合同总收入和预计合同总成本的确定有一定难度，建筑市场不规范，而且有些工程项目的合同总价是不确定的；有些工程项目经常发生设计变更，合同总价变化很大；有些工程项目是同时设计、同时施工，根本没有合同总价。部分工程造价受市场价格影响较大，难以准确估算合同总造价。这些实际问题给施工企业在施工合同执行中带来了一定的困难。如果处理不当，会影响会计信息的准确性。

2。施工企业管理水平参差不齐，也在一定程度上影响了合同总收入和预计合同总成本的确认和计量。新的施工合同准则要求施工企业具有较高的管理水平和专业判断能力，以保证合同总收入的准确确认和合同总成本的预测。目前施工企业管理水平普遍较低，管理手段相对落后，相关专业人员的综合素质和专业判断能力较低，从而大大降低了合同总收入确认和合同总成本预测的合理性和准确性。（2）完工百分比法的选择存在一定的困难，大多数施工合同的开工日期和完工日期属于不同的会计年度，因此，如何使合同收入与合同成本相匹配，并准确地分配到实施项目的各个会计年度，是一个重要的问题。根据施工合同标准，采用完工百分比法。确定完工百分比的方法有很多，如实际成本比例法、完工工作量法和实际进度计量法。一般来说，它们分为两类：输入测量法和输出测量法。投资计量算法，即根据累计实际合同成本占预计合同总成本的比例确定完工百分比。这种方法相对简单直观。但在项目的不同阶段，有时对应关系不成比例。例如，在实际工作中，存在无效的成本投入（如工程返工），成本发生了变化，但完工进度没有发生变化。完工进度经常因成本投入而偏离。产出计量算法，即根据完成工作量占合同预计总工作量的比例或通过实际计量确定完成工作量的百分比。在工程内容一致、施工难度均衡、合同成本变化不大的情况下，该方法简便、准确，但在实际施工过程中，工程内容一致、施工难度均衡、合同成本稳定的情况下价格平价很少。另外，由于受测量技术的影响，实际施工环境往往偏离设计图纸，工程变更时有发生。施工企业在完成合同外项目后，如果采用产出计量算法，在未经变更项目批准的情况下确认收益，将给企业带来一定的经营风险。（3）内部交易会计核算不规范，主要表现在两个方面：1.内部交易会计核算不规范。内部交易收入和成本的确认是不相等的。目前，大型建筑施工企业基本采用集团总承包、分公司具体施工两级项目管理模式。期末，发包人（集团公司）和分包人（子公司）按照建造合同准则确认已完工的合同收入和合同成本。对于整个企业来说，这是一个内部交易。发包人与分包人确定的竣工进度或合同总金额不一致的，分包人确认的收入不等于发包人为分包工程确认的成本。这不仅会给报表合并中内部交易的抵销带来一定困难，而且会影响整个企业集团收益的准确性。2内部计价结算不及时，导致资产负债虚增。在施工生产过程中，由于各种原因，承包单位对内部分包单位的计价结算工作不能及时完成。期末，承包单位的已结算和未结算账款（反映在预收账款项下）与内部分包单位的已结算和未结算账款（反映在存货未完工项下）之间形成双边账款。对于整个集团而言，分包单位实际上是存货台账中的未完工项目已由发包人实现（反映在预收账款中）。这样，合并报表后，资产和负债会同时增加，影响整个企业的资产质量。（4）对企业纳税有一定的影响，由于施工合同标准规定的收入确认时间和金额与现行税法规定的纳税义务时间和依据不同，不仅在应纳税额上引起争议，但也形成了纳税时间上的差异。这主要体现在对营业税和所得税的影响上。1对营业税的影响。根据税法规定，营业税的计税依据是业主签署的工程结算单。建设合同标准规定的收入是建设单位按照完工百分比法确定的合同收入，不一定取得相关收入证明。两者在时间和数量上存在差异。后者按照配比原则提取的“应纳税额”不能反映实际纳税义务，给实际工作带来不便和误解。2对所得税的影响。首先，主营业务税金及附加作为费用在企业所得税前扣除，对营业税的影响也必然影响企业所得税的计算；其次，由于按完工百分比确认的收入与工程结算单的计价金额不一致，本年计算的利润也不一致，造成应交所得税的时差。三是由于变更项目的普遍存在，当变更项目不能得到业主的批准时，施工企业按完工百分比确认的变更项目收入不能收回，会计总收入低于税收总收入，多缴的所得税不能收回退货，给企业造成一定损失。第四，对于施工合同损失，施工合同标准要求将合同预计损失计入当期管理费用。但税法只允许将损失计入当期损益并从应纳税所得额中扣除，不允许合同预计损失税前扣除。施工合同标准的实施，不仅对施工企业的管理和职业判断提出了更高的要求，也给企业经营者带来了很大的人为利润空间。由于缺乏科学的操作规则，合同结果的估计和完工百分比法的选择更多地由企业自己决定，企业才能达到调整利润的目的。如果完工百分比采用投入计量算法，企业在收益不足时可以增加成本投资，但项目的实际进度可能变化不大；如果账面利润过高或不足，企业可以人为调整目标利润，从而导致收入和利润的扭曲。然而，建设项目跨年度、工作量大等特点，使得此类人为操作行为难以识别。