对于宗教团体所有的房屋的性质，在建国后的各个历史阶段曾有过不同的规定；《宗教事务条例》公布实施(2005年3月1日起施行)以后，应以该条例的规定为准。

该条例第三十一条规定：“宗教团体、宗教活动场所所有的房屋和使用的土地，应当依法向县级以上地方人民政府房产、土地管理部门申请登记，领取所有权、使用权证书”。即宗教团体、宗教活动场所的房屋应属于宗教团体所有。

宗教团体的认定可以凭社团法人的登记。因为宗教团体的成立、变更和注销，应当依照《社会团体登记管理条例》的规定办理登记。

依据《宗教事务条例》第三十二条关于“宗教活动场所用于宗教活动的房屋、构筑物及其附属的宗教教职人员生活用房不得转让、抵押或者作为实物投资”这一规定，宗教活动场所的房屋不得进行处分。