环保部门检查有权让企业停产。环保部门在检查过程中发现企业存在严重的环境违法行为或造成严重的环境污染危害的，有权要求企业立即停产或限制生产，采取必要的整改和纠正措施，责令该企业停业整改是环保部门行政执法的权力之一。

《中华人民共和国环境保护法》第六十条

企业事业单位和其他生产经营者超过污染物排放标准或者超过重点污染物排放总量控制指标排放污染物的，县级以上人民政府环境保护主管部门可以责令其采取限制生产、停产整治等措施；情节严重的，报经有批准权的人民政府批准，责令停业、关闭。