保护改制企业小股东的合法权益的方法如下：

1、在公司法强制性规定的情况下，在章程中可制定更为严格的，以制约大股东的行为。

2、针对公司法中章程规定的诸如股东的权利和义务等规定得较为简单或不完善的地方可以细化，具有可操作性。

3、建立公司财务、政务公开制度。

4、赋予普通股东更多的知情权、调查权。

5、对公司董事、经理违反《公司法》第六十条的强制性规定时，可对其作出相应的处罚措施。

一、公司股东如何行使知情权?

《公司法》规定只要是公司股东均可要求查阅、复制公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议和财务会计报告及查阅公司会计账簿，没有对股东行使知情权的股权比例做出限制，其立法本意是保护小股东的合法权益，只要股东行使知情权时无以下情形即可：

1、股东自营或者为他人经营与公司主营业务有实质性竞争关系业务的，但公司章程另有规定或者全体股东另有约定的除外；

2、股东为了向他人通报有关信息查阅公司会计账簿，可能损害公司合法利益的；

3、股东在向公司提出查阅请求之日前的三年内，曾通过查阅公司会计账簿，向他人通报有关信息损害公司合法利益的；

4、股东有不正当目的的其他情形。