保护改制企业小股东合法权益的方法如下：

1、在《中华人民共和国公司法》的强制性规定下，可以在章程中制定更严格的规定，以限制大股东的行为。

2、公司法章程规定的股东权利义务等相对简单或不完善的地方可以细化，具有可操作性。

3、建立公司财务、政务公开制度。

4、赋予普通股东更多的知情权和调查权。

对公司董事、经理违反规定的，可以采取相应的处罚措施。

如何保护中小股东利益

保护中小股东的利益的方法如下：

1、中小股东可以通过单独或者联合行使召集和主持股东会会议的权利，以维护自己的合法权益；

2、中小股东有权依法转让自己的股权；

3、股权优先购买权，这是所有股东享有的一项特权。

《中华人民共和国公司法》第六十条一人有限责任公司章程由股东制定。

《中华人民共和国公司法》第二十条公司股东应当遵守法律、行政法规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益；不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人的利益。

公司股东滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的，应当依法承担赔偿责任。

公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。