建设工程施工合同可以仲裁，我国法律规定，当事人不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。涉外合同的当事人可以根据仲裁协议向中国仲裁机构或者其他仲裁机构申请仲裁。当事人没有订立仲裁协议或者仲裁协议无效的，可以向人民法院起诉。当事人应当履行发生法律效力的判决、仲裁裁决、调解书；拒不履行的，对方可以请求人民法院执行。

一、工程质保期内的维修费用谁给

在质保期内，基于承包人的原因工程出现质量问题，因维修、鉴定等事由产生的费用，发包人可以直接从质保金当中扣除，费用超出保证金金额的，发包人可以按照合同约定索赔，除此之外，承包人还应当承担除此之外的损失赔偿责任。《建设工程质量保证金管理办法》第9条规定，缺陷责任期内，由承包人原因造成的缺陷，承包人应负责维修，并承担鉴定及维修费用。如承包人不维修也不承担费用，发包人可按合同约定从保证金或银行保函中扣除，费用超出保证金额的，发包人可按合同约定向承包人进行索赔。承包人维修并承担相应费用后，不免除对工程的损失赔偿责任。

二、施工合同备案由谁办理

根据《中华人民共和国建筑法》第三十一条规定，（合同备案）发包单位应当在建设工程合同签订的30日内，送工程所在地建设行政主管部门备案。

合同发生重大变更的，发包单位应自合同变更后15个工作日内，将变更协议送原备案机关备案。

同时，根据《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》（建设部第89号令）第47条规定订立书面合同7日内，中标人应当将合同送县级以上建设行政主管部门备案；在施工过程中，各级政府建设工程质量监督管理部门还要对工程建设的质量进行全面监督。日常中施工合同备案是由建设单位办理的，但也存在双方一同办理备案的情况。