全国中级以上人民法院均有司法认定的资格，因而，存在着认定主体多，适用标准难以统一的问题。另外，由于近来通过司法途径认定的驰名商标数量激增，司法认定的驰名商标的权威性易受到消费者和市场的质疑。

驰名商标行政认定的主体为国家工商行政管理总局商标局和商标评审委员会，认定主体规格高，权威性强。

2.保护力度大

通过法院个案而认定的驰名商标，由于只是由审理该案的某个具体法院(中级或高级法院)进行认定的，相比之下，该认定在法院系统或认定法院当地的工商部门会具有较高的权威性，但在全国其他各地的工商行政部门的实际效力目前还不太确定。

通过行政途径认定的中国驰名商标，是经过国家工商总局商标局或商标评审委员会认定的，因而在全国工商行政系统都具有很强的权威性，全国各级工商行政部门都会按有关驰名商标的特殊保护要求来加强保护。因此，对通过行政途径认定的驰名商标的保护范围及保护力度更大。

3.不易被再审查

就法院来说，当事人对曾经被行政主管机关或者人民法院认定的驰名商标请求保护的，对方当事人对涉及的商标驰名不持异议，人民法院不再审查。提出异议的，人民法院将依照第十四条的规定重新进行审查。

对于工商部门来说，对于曾被认定为驰名商标的，如果所受理的案件与已被作为驰名商标予以保护的案件的保护范围基本相同，且对方当事人对该商标驰名无异议，或者虽有异议，但不能提供该商标不驰名的证据材料的，受理案件的工商行政管理部门可以依据该保护记录的结论，对案件作出裁定或者处理。

如果所受理的案件与已被作为驰名商标予以保护的案件的保护范围不同，或者对方当事人对该商标驰名有异议，且提供该商标不驰名的证据材料的，应当由商标局或者商标评审委员会对该驰名商标材料重新进行审查并作出认定。