《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》(国税发〔2005〕9号)第三条规定，在一个纳税年度内，对每一个纳税人，该计税办法只允许采用一次。

第五条规定，雇员取得除全年一次性奖金以外的其它各种名目奖金，如半年奖、季度奖、加班奖、先进奖、考勤奖等，一律与当月工资、薪金收入合并，按税法规定缴纳个人所得税。

根据上述规定，该员工在A公司工作半年、在B公司工作半件，取得年终奖时，只能选择其中一家的年终奖按一次性奖金计税办法。

A、B公司向员工支付奖金时，应代扣代缴其个人所得税。员工可选取其中一家按一次性奖金方法计税。

《国家税务总局关于印发〈个人所得税自行纳税申报办法(试行)〉的通知》(国税发〔2006〕162号)第二条规定，凡依据个人所得税法负有纳税义务的纳税人，有下列情形之一的，应当按照本办法的规定办理纳税申报：

(二)从中国境内两处或者两处以上取得工资、薪金所得的。

第三条第二款规定，本办法第二条第二项至第四项情形的纳税人，均应当按照本办法的规定，于取得所得后向主管税务机关办理纳税申报。

第十一条规定，取得本办法第二条第二项至第四项所得的纳税人，纳税申报地点分别为：

(一)从两处或者两处以上取得工资、薪金所得的，选择并固定向其中一处单位所在地主管税务机关申报。

第十二条规定，纳税人不得随意变更纳税申报地点，因特殊情况变更纳税申报地点的，须报原主管税务机关备案。

第十九条规定，除本办法第十五条至第十八条规定的情形外，纳税人取得其他各项所得须申报纳税的，在取得所得的次月7日内向主管税务机关办理纳税申报。

由于员工从两处取得工资、薪金所得，其应选择并固定一处单位所在地主管税务机关办理纳税申报，员工不得随意变更纳税申报地点。员工应在取得所得的次月7日内办理纳税申报。