二次开发技术合同可以备案，只要合同有效，不管是第几次签署的技术合同，都可以提出备案请求。

《技术合同认定规则》

第八条

申请认定登记的技术合同应当是依法已经生效的合同。当事人以合同书形式订立的合同，自双方当事人签字或者盖章时成立。依法成立的合同，自成立时生效。法律、行政法规规定应当办理批准、登记等手续生效的，依照其规定，在批准、登记后生效，如专利申请权转让合同、专利权转让合同等。

当事人为法人的技术合同，应当有其法定代表人或者其授权的人员在合同上签名或者盖章，并加盖法人的公章或者合同专用章；当事人为自然人的技术合同，应当有其本人在合同上签名或者盖章；当事人为其他组织的合同，应当有该组织负责人在合同上签名或者盖章，并加盖组织的印章。

印章不齐备或者印章与书写名称不一致的，不予登记。

一、技术合同不予登记的情形

《技术合同认定规则》

第七条

当事人申请认定登记技术合同，应当向技术合同登记机构提交合同的书面文本。技术合同登记机构可以要求当事人一并出具与该合同有关的证明文件。当事人拒绝出具或者所出具的证明文件不符合要求的，不予登记。

各技术合同登记机构应当向当事人推荐和介绍由科学技术部印制的《技术合同示范文本》，供当事人在签订技术合同时参照使用。

第十五条申请认定登记的技术合同下列主要条款不明确的，不予登记：

(一)合同主体不明确的；

(二)合同标的不明确，不能使登记人员了解其技术内容的；

(三)合同价款、报酬、使用费等约定不明确的。

第十六条约定担保条款(定金、抵押、保证等)并以此为合同成立条件的技术合同，申请认定登记时当事人担保义务尚未履行的，不予登记。

第十七条

申请认定登记的技术合同，合同名称与合同中的权利义务关系不一致的，技术合同登记机构应当要求当事人补正后重新申请认定登记；拒不补正的，不予登记。

第十八条申请认定登记的技术合同，其合同条款含有下列非法垄断技术、妨碍技术进步等不合理限制条款的，不予登记：

(一)一方限制另一方在合同标的技术的基础上进行新的研究开发的；

(二)一方强制性要求另一方在合同标的基础上研究开发所取得的科技成果及其知识产权独占回授的；

(三)一方限制另一方从其他渠道吸收竞争技术的；

(四)一方限制另一方根据市场需求实施专利和使用技术秘密的。

第二十二条单纯以揭示自然现象、规律和特征为目标的基础性研究项目所订立的合同，以及软科学研究项目所订立的合同，不予登记。