员工依据保密协议的约定，履行了保密义务后，用人单位要支付保密费用。依据《劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者签订保密协议，劳动者离职后，依据保密协议约定，履行保密义务后，用人单位要按约定支付费用，如果劳动者不遵守保密义务的，用人单位可以要求劳动者赔偿损失。

一、劳动者的行使劳动权的义务

劳动者的义务有：劳动者和用人单位签署劳动合同后，劳动者应当遵守有人单位的管理制度，应该完成用人单位交付的工作任务，应该遵守职业道德，如果签订了保密协议，应当遵守保密协议约定的事由，劳动者应该提升职业技能。

二、劳动者违反竞业限制

劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。当事人在劳动合同或者保密协议中约定了竞业限制和经济补偿，当事人解除劳动合同时，除另有约定外，用人单位要求劳动者履行竞业限制义务，或者劳动者履行了竞业限制义务后要求用人单位支付经济补偿的，人民法院应予支持。

三、保密协议违约的追究责任

违反保密协议是要承担违约责任的。违约责任，是指当事人不履行合同义务或者履行合同义务不符合合同约定而依法应当承担的民事责任。根据法律规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。