在审理农业承包合同纠纷案件中，应着重审查以下四个方面问题：

一、注意审查诉讼主体资格。

在农业承包合同纠纷案件中，当事人必须是因承包关系发生争执，以自己名义进行诉讼，并受人民法院的裁判或调解协议约束的人。由于农业承包合同的主体双方是特定的，农业承包合同主要发生在集体经济组织与其成员之间，集体经济组织以外的第三者一般不列为承包对象。由于法律知识和义务意识的欠缺，许多代包人、承包人在完成代包、转包后，便以为事不关已，不再过问合同的履行情况。同时，在发包过程中，发包方常常忽视承包主体的生产经营能力而盲目发包，致承包者因缺乏有关的生产种植技术或不懂经营管理造成亏损，不但完不成承包指标，而且给集体财产带来损失。因此发包方一定要明确承包主体的身份，对于代包或转包者，应告知其应负的法律责任，减少此类行为的发生。

二、注意审查当事人的诉讼请求。

对当事人诉讼请求的审查，是正确处理农业承包合同纠纷案件的基础，是全部庭审活动的出发点的归宿。明确、具体的诉讼请求决定了人民法院的审判方向和审判范围，无论是事实认定还是法律适用，是判决结果还是裁定内容，都不能脱离开诉讼主体提出的诉讼请求。审判人员应按照民事诉讼法的规定，紧紧围绕诉讼讲求这一核心来审查，把当事人的诉讼计请求作为一条主线，贯穿于法庭审判活动的全过程。

三、注意审查合同的效力。

确认农业承包合同的法律效力，即确认其有效还是无效，是全部有效还是部分有效，在案件审理中是至关重要的。要依据有关法律、法规严格掌握。对农业承包合同效力的审查，主要应从合同主体资格、内容、主体意思表示、订立程序等方面进行。加强合同管理，进一步理顺和完善土地承包合同。对需要补充和完善的合同，如对那些原本没有承包合同或以口头协议代替承包合同以及主要内容不完备，双方权利义务关系不明确的合同，要尽快补充签订正式合同。二是变更和解除合同必须符合法定的条件和程序。

在审理农业承包合同纠纷案件时，注意以上三点，可以更加明晰地理清楚纠纷的争议点，从而更有效率地审结案件。