《企业所得税法实施条例》第七十一条规定，“企业所得税法第十四条所称投资资产，是指企业对外进行权益性投资和债权性投资形成的资产。企业在转让或者处置投资资产时，投资资产的成本，准予扣除。投资资产按照以下方法确定成本：

(一)通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本;

(二)通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为成本。”

因此，集团公司以其部分不动产对子公司进行投资，应以该部分不动产的公允价值和支付的相关税费作为其取得子公司股权的成本。

1.如果按照相关协议的规定，集团公司的出资额为2亿元。此时无论子公司如何做账，集团公司取得子公司股权的成本为2亿元(不考虑税费)。按照《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》(财税[2002]191号)的规定，不征收营业税。

2.如果按照相关协议的规定，集团公司的出资额为1亿元。由于集团公司是以2亿元进行投资，因此集团公司在取得子公司注册资本所占份额1亿元的同时，另外1亿元可以被认定为对子公司的捐赠。此时，集团公司取得子公司股权的成本为1亿元(不考虑税费)。集团公司对子公司1亿元的捐赠，应视同销售不动产缴纳营业税金及附加、土地增值税、印花税和企业所得税。同时子公司应确认1亿元的营业外收入，缴纳企业所得税。