假设50套商品房未来实际交付时的公允价值为2500万元，该公司取得旧城改造项目的企业所得税土地计税成本由“10000万元+1000万元+契税+2500万元”构成。

对于契税的计税依据，财政部、国家税务总局《关于土地使用权出让等有关契税问题的通知》(财税[2004]134号)规定，以竞价方式出让的，其契税计税价格，一般应确定为竞价的成交价格，土地出让金、市政建设配套费以及各种补偿费用应包括在内。

依上述规定，该公司以竞价方式取得的旧城改造项目，计算契税的计税依据为13500万元(10000+1000+2500)，与企业所得税土地计税成本有差别。

但是由于拆迁还建的影响，50套商品房是在实际交付后依据未来市场价值计算的公允价值，在开发商办理土地使用权证时仅能确定拆迁补偿费用1000万元，50套拆迁还建房实际建造成本和未来公允价值暂时是无法确定的，所以，以13500万元作为契税计税依据不符合现实情况。

鉴于以上情况，为减少征纳双方纠纷，建议分两种情况处理。

一是拆迁还建房屋，在实际交付时，另行补缴契税，即先按照11000万元(10000+1000)计算缴纳契税，房屋实际交付时，再按照2500万元计算补缴契税。

二是参照财税[2004]134号文件的规定，以协议方式出让国有土地使用权，没有成交价格或者成交价格明显偏低的，征收机关可依次按下列两种方式确定：

1.评估价格，由政府批准设立的房地产评估机构根据相同地段、同类房地产进行综合评定，并经当地税务机关确认的价格。

2.土地基准地价，由县以上人民政府公示的土地基准地价。

由于竞价一般以土地基准地价为依据，建议直接选择县以上人民政府公示的土地基准地价为契税计税依据。