（一）性质不同

1、工程结算是指施工企业按照承包合同和已完工程量向建设单位（业主）办理工程价清算的经济文件。工程建设周期长，耗用资金数大，为使建筑安装企业在施工中耗用的资金及时得到补偿，需要对工程价款进行中间结算（进度款结算）、年终结算，全部工程竣工验收后应进行竣工结算。

2、工程竣工决算是指在工程竣工验收交付使用阶段，由建设单位编制的建设项目从筹建到竣工验收、交付使用全过程中实际支付的全部建设费用。

（二）编制依据不同

1、工程结算编制依据

（1）国家有关法律、法规、规章制度和相关的司法解释；

（2）国务院建设行政主管部门以及各省、自治区、直辖市和有关部门发布的工程造价计价标准、计价办法、有关规定及相关解释；

（3）施工方承包合同、专业分包合同及补充合同，有关材料、设备采购合同；

（4）招投标文件，包括招标答疑文件、投标承诺、中标报价书及其组成内容；

（5）工程竣工图或施工图、施工图会审记录，经批准的施工组织设计，以及设计变更、工程洽商和相关会议纪要；

（6）经批准的开、竣工报告或停、复工报告；

（7）建设工程工程量清单计价规范或工程预算定额、费用定额及价格信息、调价规定等；

（8）工程预算书；

（9）影响工程造价的相关资料；

（10）安装工程定额基价；

（11）结算编制委托合同。

2、竣工决算的编制依据主要有：

（1）经批准的可行性研究报告及其投资估算书；

（2）经批准的初步设计或扩大初步设计及其概算书或修正概算书；

（3）经批准的施工图设计及其施工图预算书；

（4）设计交底或图纸会审会议纪要；

（5）招投标的标底、承包合同、工程结算资料；

（6）施工记录或施工签证单及其他施工发生的费用记录；

（7）竣工图及各种竣工验收资料；

（8）历年基建资料、财务决算及批复文件；

（9）设备、材料等调价文件和调价记录；

（10）有关财务核算制度、办法和其他有关资料、文件等。

（三）单位不同

1、工程结算由施工单位编制

2、竣工决算由建设单位编制。

工程竣工决算审计的特点

1、较强的政策性。基本建设具有投资大、周期长的特点。为了加强对建设资金的管理，使有限的资金发挥最大的效益，国家对管理和使用建设资金制定了许多制度和规定。正确执行和运用这些法规是管好、用好建设资金的保证，更是审计人员进行竣工决算审计的重要依据。如计划完成情况、资金来源合理情况、定额套用情况、施工企业合理收费情况等都要依据国家有关法规进行检查监督。

2、较高的技术性。对工程竣工决算审计，不仅要具备一定的基建财务知识，而且要熟悉、精通工程图纸的识读、工程量的计算。定额的套用、各项取费标准的计算、施工程序和施工经验的掌握。对这些工程技术知识的正确掌握和运用，会直接影响到竣工决算审计的质量。

3、广泛的涉及面。工程竣工决算审计既涉及资金来源、使用、往来、结算的资金运动全过程，又涉及材料供应、图纸变更、国家政策调整、价格浮动等各环节的方方面面。审计人员在工作中必须对上述环节的各方面做到实事求是、客观公正的调查、审核、认定。