不可以作废。但在补充合同中可以约定当补充合同生效时，原合同的部分内容无效、作废。

补充合同是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充合同条款与原合同不一致或发生冲突时，应当与补充合同为准，但原合同明示不得变更的条款，补充合同中对该条款发生的变更则不发生法律效力。

补充合同存在的前提就是原合同已经生效，如果原合同作废，那么补充合同可能也会跟着无效。如果原合同作废，重新立的合同是新合同，而不是补充合同。

一、协议补充格式

补充协议的格式与普通合同的格式一致。补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当以补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。

二、补充协议有效吗？

只要满足下面的条件，补充协议就是有效的：

1、只要不违反法律的禁止性和限制性规定，且充分尊重当事人双方的意思自治，协议内容合法有效的话，补充协议与主合同的效力是同等的。

2、在补充协议与主合同发生冲突时，视为对主合同的变更或撤消，其效力优于主合同。即补充合同中与主合同相冲突的条款，补充协议的条款优先适用。

3、双方需要在补充协议中明确补充原合同的效力范围，明确补充主合同是在原来的范围之内生效还是有所变动、如何变动等。

4、补充协议是以主合同的成立和有效为前提的，如果欠缺主合同成立的必备条件和必要条款，或者主合同被确认无效或者被撤销，就没有签订补充协议的必要了。