一般纳税人

（1）转让2016年4月30日前取得的土地使用权，可选择适用一般计税方法，也可以按财税〔2016〕47号文件规定选择适用5％的征收率差额征税。

（2）转让2016年5月1日后取得的土地使用权，则必须采用一般计税方法，且不适用减去土地使用权原价的差额扣除，根据《国家税务总局关于发布房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法的公告》（国家税务总局公告2016年第18号）规定，

房地产开发企业中的一般纳税人销售自行开发的房地产项目，适用一般计税方法计税，按照取得的全部价款和价外费用，扣除当期销售房地产项目对应的土地价款后的余额计算销售额。这里只规定了房地产公司销售自行开发房地产项目可以适用土地差额扣除，其他没有差额扣除的文件依据。

小规模纳税人

（1）转让2016年4月30日前取得的土地使用权，可以选择按3％的征收率全额计税，也可以选择按财税〔2016〕47号文件规定采用5％的征收率差额计税。

（2）转让2016年5月1日后取得的土地使用权，根据《营业税改征增值税试点实施办法》第十六条只能适用3％的征收率全额计税。

农村个人土地转让协议合法吗

农村土地的转让是有限制的，如果转让土地是满足法律规定的话，那么就是合法的；如果在协议中违反了国家的法律规定那么土地的转让是不被允许的。

《中华人民共和国土地管理法》中有关内容的规定

第七十三条买卖或者以其他形式非法转让土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门没收违法所得；对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施；可以并处罚款；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

第七十四条违反本法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

第七十五条违反本法规定，拒不履行土地复垦义务的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令限期改正；逾期不改正的，责令缴纳复垦费，专项用于土地复垦，可以处以罚款。

第七十六条未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第七条

土地增值税实行四级超率累进税率：

增值额未超过扣除项目金额50％的部分，税率为30％。

增值额超过扣除项目金额50％、未超过扣除项目金额100％的部分，税率为40％。

增值额超过扣除项目金额100％、未超过扣除项目金额200％的部分，税率为50％。

增值额超过扣除项目金额200％的部分，税率为60％。