1、补偿标准不同。

集体土地上房屋的征收一般采取重置成本进行补偿，实践中各地普遍根据房屋的性质、结构、使用期限等因素确定具体的补偿标准。国有土地上的房屋征收补偿则采取由评估机构评估的市场价格进行补偿。

2、权利人救济渠道不同。

《土地管理法实施条例》第25条规定，集体土地征收时，对补偿标准有争议的，由县级以上地方人民政府协调；协调不成的，由批准征收土地的人民政府裁决。征地补偿、安置争议不影响征收土地方案的实施。采取裁决的方式解决补偿纠纷。而国有土地上房屋征收时，按《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定，被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。

3、对于已经完成土地征收，但未给予房屋补偿、且房屋所在地已经纳入城市规划区的原集体土地上的房屋，可以参照《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定进行补偿。

针对实践中遇到的土地征收已经完成、但是房屋补偿尚未完成的历史遗留问题，2011年最高人民法院出台的《关于审理涉及农村集体土地行政案件若干问题的规定》第12条第2款规定：征收农村集体土地时未就被征收土地上的房屋及其他不动产进行安置补偿，补偿安置时房屋所在地已纳入城市规划区，土地权利人请求参照执行国有土地上房屋征收补偿标准的，人民法院一般应予支持，但应当扣除已经取得的土地补偿费。因此，如果土地征收结束时没有进行安置补偿或者未足额补偿的，并且房屋所在地纳入城市规划区的，当事人可以请求按照国有土地上房屋征收的补偿标准进行补偿。

《国有土地上房屋征收与补偿条例》对于征地的规定

第十条房屋征收部门拟定征收补偿方案，报市、县级人民政府。

市、县级人民政府应当组织有关部门对征收补偿方案进行论证并予以公布，征求公众意见。征求意见期限不得少于30日。

第十一条市、县级人民政府应当将征求意见情况和根据公众意见修改的情况及时公布。

因旧城区改建需要征收房屋，多数被征收人认为征收补偿方案不符合本条例规定的，市、县级人民政府应当组织由被征收人和公众代表参加的听证会，并根据听证会情况修改方案。

第十二条市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当按照有关规定进行社会稳定风险评估；房屋征收决定涉及被征收人数量较多的，应当经政府常务会议讨论决定。

作出房屋征收决定前，征收补偿费用应当足额到位、专户存储、专款专用。

第十三条市、县级人民政府作出房屋征收决定后应当及时公告。公告应当载明征收补偿方案和行政复议、行政诉讼权利等事项。

市、县级人民政府及房屋征收部门应当做好房屋征收与补偿的宣传、解释工作。

房屋被依法征收的，国有土地使用权同时收回。

第十四条被征收人对市、县级人民政府作出的房屋征收决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。

第十五条房屋征收部门应当对房屋征收范围内房屋的权属、区位、用途、建筑面积等情况组织调查登记，被征收人应当予以配合。调查结果应当在房屋征收范围内向被征收人公布。

第十六条房屋征收范围确定后，不得在房屋征收范围内实施新建、扩建、改建房屋和改变房屋用途等不当增加补偿费用的行为；违反规定实施的，不予补偿。

工业用地的征用的补偿情况需要严格基于上述规定的程序和要求来进行处理的，但不同的土地，因使用类型的不同所认定的赔偿标准是不同的，如果对有关征地补偿的标准存在异议的，可以向土地管理部门来申请行政复议处理。