房租合同违约金按照合同当中的约定进行计算。原告和被告签订房屋租赁合同，会约定承租人被告不能完整地履行合同，则需要赔偿三个月的房租、支付百分之五的违约金、扣除履约金以及支付免租期一个月的房租。履行一年之后，被告向原告送达解约通知书，原告签收。合同生效之后，当事人对质量、价款或者是报酬、履行地点等内容没有约定或者是约定不明确的，可以协议补充。

店铺房租合同违约金是多少的上限

店铺房租合同违约金的上限是合同总金额的百分之二十。合同违约金以当事人约定为准，法律没有具体规定合同违约金上限，合同违约金以当事人约定为主，可以约定具体数额，也可以约定计算方法，如果约定的违约金过高或者过低，当事人可以请求予以减少或增加。如果是定金合同，约定定金数额不得超过主合同标的额的20％。

《中华人民共和国民法典》第585条第1款规定：当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。所以，违约金具有惩罚性的特征，它不以非违约方遭受损失为前提。