擅自离职会有以下法律后果：

1、职工在劳动关系存续期间，未经批准而擅自离职均属无故旷工行为，发生争议以自动离职处理；

2、职工自动离职属于违法解除劳动合同，应当按照《违反有关劳动合同规定的赔偿办法》承担赔偿责任；

3、劳动者违反规定或劳动合同的约定解除劳动合同，对用人单位造成损失的，劳动者应赔偿用人单位损失，包括用人单位招收录用其所支付的费用，用人单位为其支付的培训费用，对生产、经营和工作造成的直接经济损失及劳动合同约定的其他赔偿费用；

4、用人单位招用尚未解除劳动合同的劳动者，对原用人单位造成经济损失的，除该劳动者承担直接赔偿责任外，该用人单位应当承担连带赔偿责任。

未经批准擅自离职的怎样处理

如果已经提前三十天书面提出辞职，经过三十天即可辞职，无须用人单位同意。劳动者辞职不需要用人单位批准，也就是说我国法律赋予了劳动者无限辞职权。无论是依据《劳动合同法》第三十七条劳动者主动辞职还是第三十八条用人单位有过错而辞职，劳动者辞职都不需要用人单位的批准。其次，辞职不需要用人单位批准不等于说辞职没有任何限制，劳动者按照《劳动合同法》第三十七条提前30天主动辞职必须以书面形式通知用人单位。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以不用书面形式。

《劳动合同法》第九十条，劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。