医保断交三个月年限不会清零，但是会有所影响，具体如下：

1、影响农民住院报销，如果不断缴，生病住院只要达到了报销标准就会给报销一定比例的医药费，如果断缴了就失去了这方面的权利；

2、买药要自费。交了医保就可以使用保障卡到药店买药，如果断缴，保障卡就失效了，买药只能自费；

3、会影响后续的上缴。如果年年上缴，就会有个良好的记录，而如果中间断缴了，后续想续交就会比较麻烦，可能需要相关的证明。具体办理程序：

（1）本人申请并积极缴纳合作医疗款；

（2）村委会审核并向镇合管站提交筹资花名册、筹资票据；

（3）镇合疗办复查，审核合疗筹资表，向县合疗中心提出申请签证；

（4）县合疗经办中心审核无误后，办理签证、盖章、登录，确认。

法律依据：《中华人民共和国保险法》第二十四条

保险人依照本法第二十三条的规定作出核定后，对不属于保险责任的，应当自作出核定之日起三日内向被保险人或者受益人发出拒绝赔偿或者拒绝给付保险金通知书，并说明理由。

第二十五条

保险人自收到赔偿或者给付保险金的请求和有关证明、资料之日起六十日内，对其赔偿或者给付保险金的数额不能确定的，应当根据已有证明和资料可以确定的数额先予支付；保险人最终确定赔偿或者给付保险金的数额后，应当支付相应的差额。

医保断交半年会有什么影响

养老保险是“部分积累制”，即用现在的钱养将来的老，要求基金长期平衡；而医疗保险是“现收现付”制，即用现在的钱看现在的病，要求基金当期平衡，统筹基金是用来互助共济的，当期没有参保的就不能享受待遇了，否则就会损害全体参保人的利益。

社保专家提醒，只要你参加了医保，下个月就能享受待遇，哪怕你有病甚至有绝症，也可以马上参保马上享受待遇，但是当年能获得的最高支付限额要比长期参保的人要低。如果所有的人健康的时候都不参保，有病的时候才来参保，医保基金就没办法建立起来了。