（一）施工合同是原始的双方签订的施工协议，补充协议是在施工合同基础上进行的修改和补充。

（二）如果是招投标的施工合同，根据《招投标法》第四十六条，招标人和中标人在已经订立书面招投标施工合同之后，不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。因此，如果是招投标施工，施工合同补充协议违背了原始施工合同的实质性内容则是无效的。另外，因为施工合同的补充协议是建立在施工合同基础之上的，如果施工合同本身就无效的话，相应的补充协议一般也是无效的。

一、建筑工程黑白合同哪个有效

当签订建筑工程“黑白”合同出现纠纷或问题时，那一份合同有效，是“黑”合同还是“白”合同，应该根据实际情况而定。在实践中，通常有以下三种情况：

（一）白合同有效。建筑工程中依法经过招标并已备案的正式建筑工程合同，即通常所称的“白合同”，把实际履行的补充协议或其他合同称为“黑合同”。双方签订白合同并进行备案，往往是为了隐藏某种目的，以及应付政府部门的依法监督和检查。但根据相关司法解释规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。也就是说，这种情况下，白合同有效，双方应当按照白合同的约定履行合同。

（二）实际履行的黑合同有效。在建筑工程合同无需招标投标或白合同无效的情况下，出现合同效力纠纷时，黑合同作为双方当事人真实的意思表示，应当以双方实际履行的黑合同为工程款结算依据，认定黑合同有效。

（三）“黑白”合同都无效的，以双方协商实际达成的补充协议结算工程款。合同并非都是一定有效的，也存在黑白合同同时无效的情况，这时就应该以双方协商一致的补充协议作为实际的建筑工程合同。