建设工程施工合同纠纷能不能仲裁主要是看双方双方当事人有没有约定仲裁，如果双方当事人有约定仲裁，而且约定的事项又属于可以申请仲裁的范围，那么就可以仲裁。

建设工程合同在约定仲裁条款时需要注意以下内容：

第一、仲裁条款必须以书面形式表示。

第二、仲裁条款的内容必须符合法律规定。

第三、仲裁条款必须无法定的无效情形。

一、建筑工程质量不合格怎么处理?

1、返修处理。当项目的某些部分的质量虽未达到规范、标准或设计规定的要求，存在一定的缺陷，但经过采取整修等措施后可以达到要求的质量标准，又不影响使用功能或外观的要求时，可采取返修处理的方法。

2、加固处理。主要是针对危及承载力的质量缺陷的处理。

3、返工处理。当工程质量缺陷经过返修、加固处理后仍不能满足规定的质量标准要求，或不具备补救可能性，则必须采取返工处理。

4、限制使用。

5、不作处理。

6、报废处理。

二、申请经济仲裁的程序是怎样的?

1、递交劳动仲裁申请书及相关证据;

2、申请书符合要求的，仲裁委员会自收到申请书之日起5日内做出受理或者不予受理的决定

3、被申请人收到仲裁申请书副本后，应当在十日内向劳动争议仲裁委员会提交答辩书。

4、劳动争议仲裁公开进行，但当事人协议不公开进行或者涉及国家秘密、商业秘密和个人隐私的除外。

5、当事人接到通知，无正当理由拒不到庭的，或未经仲裁庭同意中途退庭的，对申请人按照撤回申请处理，对被申请人可以缺席裁决。

6、仲裁庭处理劳动争议应当先行调解，在查明事实的基础上促使当事人双方自愿达成协议，并将协议内容制作调解书，调解书经双方当事人签收后，发生法律效力。

7、仲裁庭裁决劳动争议案件，应当自劳动争议仲裁委员会受理仲裁申请之日起四十五日内结束。

8、仲裁庭做出裁决前，申请人撤回仲裁申请的，仲裁庭经审查后，认为其撤回申请成立的，向双方当事人发出《准予撤回申请决定书》;但被申请人提出反申请的，不影响反申请的审理。

建设工程合同里面出现纠纷情况的，也可以申请仲裁，只要是向仲裁委员会申请即可，再有一方出现违约责任的时候，需要对方按照合同所约定的违约责任承担赔偿。