一、劳动合同主体变更，但员工不同意变更的怎么办？

劳动合同主体变更，但员工不同意变更的，用人单位可与劳动者协商，对劳动合同进行变更，如果未能就变更劳动合同内容达成协议的，用人单位在提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同。

二、劳动合同主体变更所需材料

劳动合同主体变更需要如下材料：

1.全体股东签订的企业变更申请书，填写后原注册信息和变更后信息，委托代理人信息。

2.签订新的公司章程，内容必须是变更后新信息，或填写章程修正案。

3.新变更事项证明文件。如法定代表人也要变更的需要提供新法人身份证明。

三、劳动合同主体变更的情形

劳动合同主体变更的情形有以下两种：

1.企业合并，即两个或者两个以上的企业通过订立合并协议，依照有关法律法规的规定，将资产合为一体，组成一个新企业的行为过程。企业合并的结果是，新企业的资产等于各个合并企业的资产总和。企业合并可分为吸收合并和新设合并两种形式。吸收合并中，解散的企业称为被合并企业，继续存在的企业称为续存企业。新设合并，指两个或两个以上的企业通过订立合并协议，并依照有关法律法规的规定合并后，在所有企业都解散的基础上，设立一个新企业的合并方式。企业合并的效应，主要是优化资源配置、形成规模经济、增强企业的市场竞争力、提高经济效益。