其主要差异表现在两个环节上，第一个区别在于其负责的部门各不相同，审查批准逮捕的主要行为权责落在人民检察院的侦监科身上，而审查起诉则是由检察院公诉科负责承接办理。

第二大区别则体现在两道流程所处的诉讼进程位置上。

审查批准逮捕的环节出现在犯罪嫌疑人被立案调查之后，侦查机关（通常情况下为公安机关）已经通过初步的调查工作掌握了案件的基本事实，并且认为犯罪嫌疑人具有合法逮捕理由和剥夺相关权利的必要性时，他们会将案件移交至检察院的侦监科寻求对犯罪嫌疑人的逮捕许可。

待经过检察院侦监科的认真审慎评估后，案件就可以再次交还给侦查机关以便他们继续开展后续的侦查工作；而审查起诉这一环节发生在犯罪嫌疑人受到侦查程序结束后，案件被移交到检察院公诉科的阶段。

此时，检察院公诉科需要对所有递交上来的卷宗材料进行细致的审查，以此来决定是否应该对案件提起公诉。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百三十六条

为了收集犯罪证据、查获犯罪人，侦查人员可以对犯罪嫌疑人以及可能隐藏罪犯或者犯罪证据的人的身体、物品、住处和其他有关的地方进行搜查。