申请破产后公司债务在清算程序中清偿，因为根据《中华人民共和国公司法》第一百八十七条的规定，清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单。在发现公司的财产不足以清偿全部债务的事后申请法院宣告破产。在这个清算程序中，所有的债务均按比例清偿，不得拿回全部债款金额。

一、公司非破产清算的程序是怎样的

1、清算公司财产、制订清算方案

（1）调查和清理公司财产。清算组根据债权人的申报和调查清理公司财产的情况编制公司资产负债表、财产清单和债权、债务目录。

（2）制订清算方案。编制公司财务会计报告之后，清算组应当制订清算方案，提出收取债权和清偿债务的具体安排。

（3）提交股东会通过或者报主管机关确认。公司的清算方案，股份有限公司应将清算方案提交股东大会通过；有限责任公司应交股东会通过。因违法而解散清算的公司，清算方案还要提交有关主管机关确认。

（4）如果清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单时，发现公司财产不足清偿债务的，清算组有责任立即向有管辖权的人民法院申请宣告破产。经人民法院裁定宣告破产后，清算组应当将清算事务移交人民法院。

2、了结公司债权、债务

（1）处理公司未了结的业务。清算期间，公司不得开展新的经营活动。但是，清算组为了清算的目的，有权处理公司尚未了结的业务。

（2）收取公司债权。清算组应当及时向公司债务人要求清偿已经到期的公司债权。对于未到期的公司债权，应当尽可能要求债务人提前清偿，如果债务人不同意提前清偿的，清算组可以通过转让债权等方法变相清偿。

（3）清偿公司债务。清算组通过清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，确认公司现有的财产和债权大于所欠债务，并且足以偿还公司全部债务时，应当按照法定的顺序向债权人清偿债务。首先，应当支付公司清算费用，包括公司财产的评估、保管、变卖和分配等所需的费用，公告费用，清算组成员的报酬，委托注册会计师、律师的费用，以及诉讼费用等；其次，支付职工的工资、社会保险费用和法定补偿金；再次，缴纳所欠税款；最后是偿还其他公司债务。

3、分配公司剩余财产

根据《中华人民共和国公司法》第一百八十七条，对于清偿了全部公司债务之后公司的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配取得公司剩余财产的分配权，是公司股东权益的一项重要内容，是公司股东的基本权利。

二、公司清算期间可否签订合同

公司清算期间，不得从事与清算无关的经营活动，如果是与清算有关的合同，清算组有权签订。

《中华人民共和国公司法》第一百八十四条【清算组的职权】清算组在清算期间行使下列职权：

（一）清理公司财产，分别编制资产负债表和财产清单；

（二）通知、公告债权人；

（三）处理与清算有关的公司未了结的业务；

（四）清缴所欠税款以及清算过程中产生的税款；

（五）清理债权、债务；

（六）处理公司清偿债务后的剩余财产；

（七）代表公司参与民事诉讼活动。

第一百八十六条【清算程序】清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。

公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。

清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。