补充协议是否有效要看补充协议约定的内容，如补充协议是以原合同的履行为基础，则补充协议无效；如补充协议是约定主合同解除或无效后的相关违约责任等的承担，则补充协议应继续有效。当然，如果法律另有规定的除外。根据2021年实施的《中华人民共和国民法典》第三百八十八条设立担保物权，应当依照本法和其他法律的规定订立担保合同。担保合同包括抵押合同、质押合同和其他具有担保功能的合同。担保合同是主债权债务合同的从合同。主债权债务合同无效的，担保合同无效，但是法律另有规定的除外。

补充协议与原合同冲突怎么办

补充合同的效力优于主合同的效力。时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当以补充协议为准。签订合同之后，发现内容还需补充的，可以拟定合同补充协议。

《中华人民共和国民法典》第三百八十八条设立担保物权，应当依照本法和其他法律的规定订立担保合同。担保合同包括抵押合同、质押合同和其他具有担保功能的合同。担保合同是主债权债务合同的从合同。主债权债务合同无效的，担保合同无效，但是法律另有规定的除外。担保合同被确认无效后，债务人、担保人、债权人有过错的，应当根据其过错各自承担相应的民事责任。