市场监管局和药监局是上下级的关系。国家市场监督管理总局是国务院的直属机构，药监局由国家市场监督管理总局管理。国家将工商行政管理总局的职责、质量监督检验检疫总局的职责、食品药品监督管理职责集中实行反垄断执法以及国务院反垄断委员会办公室等职责予以整合，组建了国家市场监督管理总局。

《中华人民共和国药品管理法》第八条

国务院药品监督管理部门主管全国药品监督管理工作。国务院有关部门在各自职责范围内负责与药品有关的监督管理工作。国务院药品监督管理部门配合国务院有关部门，执行国家药品行业发展规划和产业政策。

省、自治区、直辖市人民政府药品监督管理部门负责本行政区域内的药品监督管理工作。设区的市级、县级人民政府承担药品监督管理职责的部门负责本行政区域内的药品监督管理工作。县级以上地方人民政府有关部门在各自职责范围内负责与药品有关的监督管理工作。