按照《劳动合同法》第二十五条的规定，除了违反服务期约定、违反竞业限制这两种情形可以约定由劳动者承担违约金外，其他情形，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。在保密协议中约定劳动者违反保密义务时须承担违约金，司法实践中大量的劳动仲裁裁决、法院判决认为相关约定违反了上述强制性法律规定，相关约定无效。劳动者无须支付保密违约金。

然而，用人单位与劳动者签订的保密协议具有一定的独立性，并不严格依附于劳动合同存在，是否受《劳动合同法》的调整，在实务中存在争议。在济南市中级人民法院于2008年作出的（2006）济民三初字第179号民事判决中，法院认为，双方签订的保密协议系平等民事主体之间就技术保密事项签订的合同，应受合同法的调整。故支持了原告关于被告违反保密协议须支付违约金的诉讼请求。保密协议属于平等民事主体之间签订的协议，应受《合同法》的调整，《保密协议》中约定的违约金条款有效。