不能。

我国《公司法》规定：“自然人股东死亡后，其合法继承人可以继承股东资格；但是，公司章程另有规定的除外。”同时，该法第四条明确规定：“公司股东依法享有资产收益、参与重大决策和选择管理者等权利。”

据此，在公司章程约定自然人股东死后其继承人可以继承其股份的情况下，股东会无权剥夺部分股东的合法权益，继承股份的股东依法享有资产收益、参与重大决策和选择管理者等权利。

公司章程的修改程序

根据我国《公司法》的规定，公司章程的修改应依照以下程序进行：

1、由公司董事会作出修改公司章程的决议，并提出章程修改草案。

2、股东会对章程修改条款进行表决。有限责任公司修改公司章程，须经代表三分之二以上表决权的股东通过；股份有限公司修改章程，须经出席股东大会的股东所持表决权的三分之二以上通过。

3、公司章程的修改涉及需要审批的事项时，报政府主管机关批准。如股份有限公司为注册资本而发行新股时，必须向国务院授权的部门或者省级人民政府申请批准；属于向社会公开募集的，须经国务院证券管理部门批准。

4、公司章程的修改涉及需要登记事项的，报公司登记机关核准，办理变更登记；未涉及登记事项，送公司登记机关备案。

5、公司章程的修改涉及需要公告事项的，应依法进行公告。如公司发行新股募足股款后，必须依法定或公司章程规定的方式进行公告。

6、修改章程需向公司登记机关提交“股东会决议”及“章程修正案”，若涉及登记事项，须有公司法人签章方可完成变更。