一、如何妥善处理农村非法占用耕地盖房的问题

根据《土地管理法》第七十六条规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地。

对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；

对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。超过批准的数量占用土地，多占的土地以非法占用土地论处。

二、非法占用农用地罪的犯罪构成

非法占用农用地罪的犯罪构成为：

1．本罪侵犯的客体是国家的土地管理制度。

2．本罪在客观方面表现为违反土地管理法规，非法占用农用地改作他用，数量较大，造成农用地大量毁坏的行为。

3．本罪的主体既可以是自然人，也可以是单位。

4．本罪在主观方面表现为故意。

三、非法占用农用地罪有什么惩罚

非法占用农用地罪的处罚是五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。

法律依据

《中华人民共和国刑法》第三百四十二条

违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。

《中华人民共和国刑法》（2020修正）：第二编　分则 第六章　妨害社会管理秩序罪 第六节　破坏环境资源保护罪　　　　第三百四十二条　违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。