一、保护合法原则：合法应当包括宗教主体合法、宗教活动合法和宗教财产合法等内容。

二、抵御渗透原则：如何抵御宗教渗透，事关国家安全大事，是我国宗教事务管理中需要重点关注的问题。

三、制止非法原则：制止非法是保护合法的应有之义。制止非法和保护合法是一体两面，是对保护合法原则的强调和保障，没有对非法的制止，就无法真正保护合法。

四、打击犯罪原则：宗教问题的复杂性和宗教犯罪的严重危害性决定了对于宗教犯罪行为必须严厉打击，这是保障宗教信仰自由、维护宗教法治的重要条件。

五、遏制极端原则：宗教极端主义借用宗教的形式，披着宗教的外衣，以信仰的极端化和行为的狂热化，造成严重危害。宗教极端主义不是宗教，不属于某个民族，是反人类、反社会的，必须坚决予以遏制。