由医疗事故技术鉴定工作办公室负责。按照自2002年9月1日起施行的《医疗事故技术鉴定暂行办法》的规定，医疗事故技术鉴定工作办公室，具体负责有关医疗事故技术鉴定的组织和日常工作。

医疗事故技术鉴定分为首次鉴定和再次鉴定。设区的市级和盛自治区、直辖市直接管辖的县(市)级地方医学会负责组织专家鉴定组进行首次医疗事故技术鉴定。盛自治区、直辖市地方医学会负责组织医疗事故争议，省级卫生得政部门可以商请中华医学会组织医疗事故技术鉴定。医疗事故技术鉴定由医学会组织专家鉴定组独立进行，任何其他的组织和个人均不得干涉。

此外，根据《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定》解决了鉴定机构的独立性问题，司法鉴定机构的中介性质已经明确，它不再是国家有关机构的依附，这样从根本上确保了司法鉴定的中立性，防止了“医医相护”现象，增强了鉴定结论的公正性。

该决定第十一条规定：在诉讼中，当事人对鉴定意见有异议的，经人民法院依法通知，鉴定人应当出庭作证。鉴定时，如双方协商由医学会组织鉴定则可以被视为双方当事人的自认行为，其愿意承担自认行为带来的法律后果。