食品经营许可证和小作坊小餐饮登记证不是一样的。小作坊经营店经营者提出经营的，需要申领小作坊经营店登记证，此前已取得的食品经营许可证（餐饮服务许可证、食品流通许可证）在有效期内的，不需要申领小作坊经营店登记证（当事人申请变更的除外）。

《食品经营许可管理办法》第一条为规范食品经营许可活动，加强食品经营监督管理，保障食品安全，《中华人民共和国食品安全法》《中华人民共和国行政许可法》等法律法规，制定本办法。第二条在中华人民共和国境内，从事食品销售和餐饮服务活动，应当依法取得食品经营许可。食品经营许可的申请、受理、审查、决定及其监督检查，适用本办法。