根据征管流程规定：纳税人发生丢失、被盗发票事件的，应立即向主管税务机关报告，办理相应的挂失手续。

具体：纳税人发生发票遗失、被盗等情况时，应按规定程序向当地公安机关报失，如果丢失的是增值税专用发票的，需要向《中国税务报社》刊登“遗失声明”;如果丢失的是增值税普通发票的，需要向报纸媒体刊登“遗失声明”。并向税务机关报告，填报《发票挂失/损毁报告表》、《挂失/损毁发票清单》(1份)，除需提供上述资料外，还需提供以下资料：

(1)陈述事实经过的书面报告

(2)提供公安部门受理报案的有关材料

根据上述规定，贵单位将作废的发票丢失，应该先按上述规定到主管税务机关办理挂失手续，然后凭《发票挂失/损毁报告表》、《挂失/损毁发票清单》等证明购买新发票。