自然人转让股权合同存在的涉税风险主要体现在两方面：

一方面是个人转让股权的法律手续不符合税收法律规定。在实践中总是存在一种现象：转让方和受让方私自签订平价或折价的股权转让协议，不通过当地的税务部门，而直接通过社会关系在当地的工商部门办理工商变更登记手续。这是不符合税法规定的，有受到税务部门的稽查和处罚的风险。另一方面是股权转让协议中的转让价格往往不符合独立交易原则，即不符合税收法律规定的折价或平价条件，而因此少申报缴纳个人所得税。

国家税务总局《关于股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》(国家税务总局2014年公告第47号)第十二条规定，符合下列情形之一，视为股权转让收入明显偏低：

(1)申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的;

(2)申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的;

(3)申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入的;

(4)申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入的;

(5)不具合理性的无偿让渡股权或股份;

(6)主管税务机关认定的其他情形。

一、法人转让股权合同存在的涉税风险分析

《企业所得税法实施条例》第八十三条规定，《企业所得税法》第二十六条第(二)项所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。

《企业所得税法》第二十六条第(二)项和第(三)项所称股息、红利等权益性投资收益，不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。

国家税务总局《关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》(国税函[2010]79号)明确转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。

企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。国家税务总局《关于企业所得税核定征收有关问题的公告》(国家税务总局公告2012年第27号)第二条规定：“依法按核定应税所得率方式核定征收企业所得税的企业，取得的转让股权(股票)收入等转让财产收入，应全额计入应税收入额，按照主营项目(业务)确定适用的应税所得率计算征税;若主营项目(业务)发生变化，应在当年汇算清缴时，按照变化后的主营项目(业务)重新确定适用的应税所得率计算征税。”基于以上税收法律的规定，法人转让股权协议中的税收风险主要体现在两点：一是被投资企业有多年累积的未分配利润和盈余公积时，法人转让股权的转让价格中含有被投资企业多年累积的未分配利润和盈余公积与转让方股东所占股权比例的乘积部分，而使股权转让价格是溢价转让，从而使转让方股东多缴纳企业所得税。二是按核定应税所得率方式核定征收企业所得税的企业，发生股权(股票)转让时，按照转让收入扣除股权(股票)投资成本作为应税收入额，使企业少缴纳了企业所得税。

根据以上涉税风险分析，法人转让股权合同中的涉税风险应采取以下控制措施：

(1)如果股东是企业或法人，在发生转让股权时，为了实现少缴纳企业所得税，则可以先将留存收益进行分配，降低净资产，再转让股权，从而降低转让所得，减少企业所得税。

(2)依法按核定应税所得率方式核定征收企业所得税的企业，取得的转让股权(股票)收入等转让财产收入，应全额计入应税收入额，按照主营项目(业务)确定适用的应税所得率计算征税。

所以在进行股票买卖前需要考核双方的资质，转让股票之后，无可避免的需要纳税，转让股票需要严格按照法定流程进行办理，若直接跳过某些程序是不发生法律效力的，若跳过纳税程序，是需要承担法律责任的。