1、查明事实阶段。即查清违章建筑形成的时间、原因、结构、面积、用途，是否存在民事纠纷，是否存在同时违反两个以上的行政法律规范的情形，是否已经行政执法机关查处等。对已经查处的按查处的结论办理，对未经查处的，进入下阶段。

2、处理和处罚阶段。第一步按时间分类分流。根据各地城市规划的具体时间合情合理地确定违法建筑的时间界限。第二步，按是否存在违章建筑的行为同时违反了两个以上的行政法律规范的情形为标准分类分流。第三步，作出处理或处罚决定。然后根据处理或处罚决定分别处置，对补办手续的，进入补办手续阶段；对处以没收或限期拆除的，进入执行阶段。

3、补办手续阶段。对依法应当直接补办手续或经过处罚后要求补办手续的，由违章建筑的当事人到相关行政部门补办手续。

4、签定安置补偿协议阶段。在此阶段，由拆迁双方自行确定安置补偿方案。对协商不成的，经一方当事人申请可进入行政裁决阶段；对达成协议后，被拆迁人拒不履行的，经拆迁人申请，可进入强制拆迁阶段，由人民法院依法强制执行。

5、行政裁决阶段。对拆迁当事人经协商未能达协议，经一方当事人的申请行政裁决的，行政机关应予受理。行政机关在受理后，应及时将申请人的申请书及证据发送给对方当事人，并告知其权利与义务。行政机关在查明事实的基础上，在法定期限内就安置补偿作出行政裁决决定，并明确当事人搬迁的期限。

6、强制执行阶段。对于被拆迁人(即违章建筑的当事人)不履行安置补偿协议或安置补偿裁决的，经申请，可由人民法院依民事司法强制执行程序或行政司法强制执行程序强制执行，亦可由人民政府责成相关行政部门组织行政强制拆迁，强制被拆迁人搬迁，并拆除其建筑物等

一、相关法律规定

《中华人民共和国行政强制法》

第三十五条行政机关作出强制执行决定前，应当事先催告当事人履行义务。催告应当以书面形式作出，并载明下列事项：

(一)履行义务的期限；

(二)履行义务的方式；

(三)涉及金钱给付的，应当有明确的金额和给付方式；

(四)当事人依法享有的陈述权和申辩权。

第三十七条经催告，当事人逾期仍不履行行政决定，且无正当理由的，行政机关可以作出强制执行决定。

强制执行决定应当以书面形式作出，并载明下列事项：

(一)当事人的姓名或者名称、地址；

(二)强制执行的理由和依据；

(三)强制执行的方式和时间；

(四)申请行政复议或者提起行政诉讼的途径和期限；

(五)行政机关的名称、印章和日期。

在催告期间，对有证据证明有转移或者隐匿财物迹象的，行政机关可以作出立即强制执行决定。

第四十四条对违法的建筑物、构筑物、设施等需要强制拆除的，应当由行政机关予以公告，限期当事人自行拆除。当事人在法定期限内不申请行政复议或者提起行政诉讼，又不拆除的，行政机关可以依法强制拆除。