一、主合同无效补充协议的效力

补充协议是否有效，应看主合同和补充协议具体约定的内容。一般补充协议和主合同具有同等法律效率。如果主合同已经实际履行，主合同及补充协议均有效。主合同尚未生效，补充协议内容可独立履行的，补充协议有效;不能独立履行的，效力待定。

二、主合同与补充协议是什么关系

“补充协议”或者称为“协议补充”，是指当事人对于合同中的内容没有约定或者约定不明确的，而达成的协议。“补充协议”是相对于已经存在的合同而言的，“协议补充”就是通过协议方式补充已经存在的合同中存在的漏洞。因此，已经存在的合同与“补充协议”之间是主从关系。已经存在的合同是主合同，“补充协议”是从合同。

三、合同的效力应该如何约定

合同生效是指已经成立的合同具有法律约束力，合同是否生效，取决于是否符合法律规定的有效条件。依法成立的合同，自成立时生效。当事人对合同的效力可以约定附期限。附生效期限的合同，自期限届至时生效。附终止期限的合同，自期限届满时失效。合同生效有以下四个条件。

第一，合同双方当事人要具有相应的主体资格，及民事权利能力和民事行为能力。

第二，意思表示要真实。

第三，合同内容不违反法律行政法规的规定。

第四，合同不违反社会公共利益。

因此，双方当事人完全可以对合同的生效条件进行约定，自约定条件成就时，合同才生效。