一、保密协议只限于商业机密吗

1、保密协议并不仅限于商业机密，还有其他设计机密的也可以签订保密协议。保密协议不仅可以使用于劳动合同中，也可以与有关知识产权权利归属协议或竞业限制协议合订为一个合同，也可以单独签订保密协议。

2、法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第二十二条规定，劳动合同当事人可以在劳动合同中约定保守用人单位商业秘密的有关事项。

二、保密协议违约金是多少

保密协议的违约金由用人单位与劳动者协商确定。保密协议，是指协议当事人之间就一方告知另一方的书面或口头信息，约定不得向任何第三方披露该等信息的协议。具体违约金要看合同具体约定，一般是按照实际损失的额度来订立违约金的数额。

对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。

三、保密协议哪些是不合法的

下列几种情形的保密协议是不合法：

1、与无民事行为能力人签立的；

2、限制民事行为能力人依法不能独立实施的；

3、违反法律、行政法规的强制性规定的所签订的；

4、内容违背公序良俗的；

5、双方恶意串通，损害他人合法权益的。