人民法院在判断农村房屋买卖协议是否有效时，一般会综合考虑如下几个因素：

（一）协议签订时间。我国民法坚持“法不溯及既往”原则，还是要尊重和遵守交易当时的法律规定；

（二）协议或买卖行为是否经公证。一般经公证的行为或交易文书，具有更强的法律效力；

（三）房屋买卖行为是否取得卖房一方所在的村集体组织或人民政府同意。

《土地管理法》第十一条规定，农民集体所有的土地，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认所有权；农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认建设用地使用权。

因此，如人民政府已经为买方颁发了新的土地使用权证，基本认定房屋买卖协议有效。

（四）交易房屋是否已经办理过户手续，买房一方是否对交易房屋形成稳定的居住事实。

（五）买房一方是否还另有住所或是否在他处还持有另一封宅基地。

法院将在综合考虑以上因素后，从维护社会秩序稳定性出发，最终确认房屋买卖协议是否有效。